По версии следствия, будучи мажоритарным акционером кредитного учреждения, Алексей Хотин, в 2014 году создал организованную группу с целью хищения денежных средств банка «Югра», в состав которой привлек руководителей банка – Шиляева, Нефедова и Чернову. Хищения на сумму 23,6 миллиарда рублей были совершены в период с 2014 по 2017 годы путем выдачи заведомо невозвратных кредитов подконтрольным Хотину юридическим лицам. 

Арбитражный суд Москвы 2 октября 2018 года по заявлению Банка России признал банк «Югра» несостоятельным (банкротом).