Вытегорский районный народный суд был образован  во время районирования  в 1929 году и подчинялся областному суду. Вышестоящим органом  являлся Верховный суд  РСФСР. 

Федеральным конституционным законом «О судебной системе Российской Федерации» от 31 декабря 1996 года № 1 – ФКЗ в статье 21 установлено Положение о районных судах. Согласно указанному закону Вытегорский народный суд был переименован в Вытегорский районный суд.