С 1935 года в городе Змеиногорске и Змеиногорском районе работал Змеиногорский участковый народный суд Управления народного комиссариата юстиции РСФСР по Алтайскому краю.
В 1946 году в Змеиногорске стал работать народный суд 1 участка в составе народного судьи, секретаря судебного заседания, судебного исполнителя, секретаря суда и техперсонала. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 31 мая 1956 года Министерство юстиции СССР было ликвидировано и 4 августа 1956 года Управление Министерства юстиции при краевом Совете упразднено, их функции переданы краевому суду.
24 сентября 1957 года в Змеиногорске упразднён участковый народный суд и создан Змеиногорский городской народный суд Алтайского краевого суда в составе народного судьи, секретаря судебного заседания, судебного исполнителя, секретаря суда, делопроизводителя и техперсонала.
В 1957 году в городе Змеиногорске и Змеиногорском районе были избраны народный судья и народные заседатели.
14 февраля 1971 года создан Отдел юстиции Алтайского крайисполкома. В городе Змеиногорске стал работать Змеиногорский городской народный суд, отдела юстиции Алтайского крайисполкома. С 1989 года в городском суде утверждены должности председателя суда, судьи, заведующего канцелярией, делопроизводителя, 2-х секретарей судебного заседания, судебного исполнителя.
Распоряжением администрации Алтайского края от 21 января 1992 года отдел юстиции Алтайского крайисполкома преобразован в Управление юстиции администрации Алтайского края.
В связи с принятием в июне 1992 года Закона РФ « О статусе судей в РФ» выборы судей отменены. Судьи назначаются Указом Президента РФ. В связи с этим произошло переименование Змеиногорского городского народного суда в Змеиногорский городской суд Управления юстиции администрации Алтайского края.
С 1994 года в штате Змеиногорского городского суда имеется председатель суда, два судьи и три секретаря судебного заседания, заведующая канцелярией, делопроизводитель, судебный исполнитель.
Распоряжением администрации Алтайского края 27 марта 1996 года управление юстиции администрации Алтайского края преобразовано в Управление юстиции Алтайского края.
В функции суда входят: рассмотрение уголовных и гражданских дел, административных материалов, представлений прокуратуры и ГОВД по вопросам исполнения приговоров, заявлений и жалоб граждан, в связи с чем выносят приговоры, решения, определения, постановления, письменные ответы. Ведется приём граждан.
С января 1998 года в Змеиногорском городском суде была сокращена штатная единица судебного исполнителя.
С 1 мая 1999 года изменилось штатное расписание Змеиногорского городского суда: председатель суда, судьи, главного специалиста, секретаря судебного заседания, специалиста категории «А», секретаря суда, машинистки.
С 2000 года в Управлении Судебного департамента при Верховном Суде РФ в Алтайском крае в штатное расписание введены должности администраторов городских и районных судов Алтайского края. С мая 2000 года в Змеиногорском городском суде организационное обеспечение городского суда входит в должностные обязанности администратора суда.
С июня 2002 года в штат суда введена должность помощника судьи, а с мая месяца 2004 года - помощника председателя городского суда. С марта 2004 года в Змеиногорском городском суде в штатное расписание включены: председатель суда, три судьи, четыре секретаря судебного заседания. Списочный состав кадров суда увеличился до 20 человек.
С декабря 2003 года в Змеиногорском городском суде осуществляют свои полномочия судебные приставы по обеспечению установленного порядка деятельности судов в соответствии с Федеральным Законом «О судебных приставах».
С 1 августа 2006 года с федеральными государственными служащими городского суда в соответствии с Федеральным законом «О государственной гражданской службе РФ» заключены служебные контракты «О прохождении государственной гражданской службы РФ и замещении должности федеральной государственной гражданской службы».