Народный суд Московского района г. Калининграда образован 3 октября 1947 года. До этого времени правосудие на территории района осуществляла народный судья 5-го участка г. Калининграда Лидия Федоровна Филатова.

Пятого января 1949 года в штат суда была зачислена опытный юрист Е.И. Саломатина (Белоусова). В конце Великой Отечественной войны Евгения Ивановна работала народным судьей г. Грозного. В апреле 1948 года она приступила к работе в должности старшего ревизора по нотариату и адвокатуре в Управлении МЮ РСФСР  в Калининградской области. В Московском районном народном суде Евгения Ивановна работала до декабря 1952 года.

Освободившуюся вакантную должность непродолжительное время занимала А.П. Веселова. На период отсутствия народных судей к работе привлекался народный заседатель Василий Алексеевич Павлюк. С 13 декабря 1954 года народным судьей Московского района был избран Дмитрий Игоревич Моисеев, который до этого времени два года работал народным судьей 1-го участка г. Калининграда в пос. Светлое.

С декабря 1957 года суд стал многосоставным. На должность народного судьи была избрана Римма Ивановна Заславская. С 1962 по 1971 год работала Нина Яковлевна Мишустина, у которой ко времени зачисления в штат суда района судейский стаж составлял более 15 лет.

В 70-х годах состоялся переезд суда в новое здание по ул. Черниговской, 43а.

Первым председателем Московского районного народного суда в 1967-1982 гг. стал Петр Михайлович Климов. Его преемницей стала Альбина Дмитриевна Прилипота, которая проработала в должности председателя суда до декабря 1995 года. В 1996г. назначена на должность председателя суда Дружинина Вера Алексеевна.

Штатная численность суда увеличивалась, избирались новые судьи: Елена Леонидовна Башкатова, Игорь Егорович Лисовский, Игорь Владимирович Звягинцев. Все они уже находятся в почетной отставке.

Более двадцати пяти лет работает Тамара Геннадьевна Лисицына в канцелярии Московского районного суда г. Калининграда на руководящих должностях. Приказом Генерального директора Судебного департамента при Верховном Суде РФ от 1 декабря 2008 года Лисицыной Т.Г. присвоено почетное звание "Почетный работник судебной системы".

Более двадцати лет работает в суде Любовь Петровна Вахрушева, которая была секретарем судебных заседаний, секретарем суда, в 2008 году - назначена на должность помощника судьи.

В начале 90-х годов к осуществлению правосудия приступили В.А. Дружинина, М.Н. Бобкина, И.П. Чернышёва, С.И. Провалинская, И.Н. Горайчук, Л.Н. Андронова, О.Ф. Вайисова, В.А. Михель, В.К. Хомич. Состав Московского народного суда значительно увеличился, поэтому было принято решение о переезде в бывшее здание райкома КПСС Московского района по ул. Аллея Смелых, 39.

В ночь на 9 февраля 1997 года в здании суда произошел пожар, в связи с чем суд вновь поменял свой юридический адрес, и разместился в здании по ул. Дюнной, 18а.

Чернышева И.П., Горайчук И.Н. в настоящее время работают судьями Калининградского областного суда. Вайисова О.Ф. в 2001 году назначена на должность заместителя председателя Октябрьского районного суда г. Калининграда, с которой осенью 2008 года ушла в почетную отставку. Бобкина М.Н. с 2007 года назначена судьей Областного суда, работала в судебной коллегии по уголовным делам, в 2010 году – ушла в почетную отставку.

Ушедший в отставку Хомич В.К. в настоящее время работает в Аппарате Уполномоченного по правам человека в Калининградской области по направлению деятельности - защита прав человека в местах лишения свободы и в уголовном процессе.

В начале 2000-х годов судьями Московского райсуда назначены: Чернухина Г.И., Белозёрова С.А., Хромова И.Л., Невмержицкая Т.В., Кириенко М.А., Кулакова Н.В., Подуфалый О.А.; в 2005 году - Мирзоева И.А., в 2006 году - судьи Уосис И.А. и Алфёрова Г.П., в 2007 - судья Бондарев В.В., в 2008 - судья Герес Е.В.

С 2001 года в суде введены должности помощника председателя суда и помощника судьи в соответствии с программой Реформы судебной системы.

В 2008 году судья Чернухина Г.И. ушла в отставку.

В апреле 2010 года Алферова Г.П. назначена судьей Калининградского областного суда и работает в судебной коллегии по гражданским делам.

В 2006 году в связи с безвременной кончиной Дружининой Веры Алексеевны, исполняющей обязанности председателя суда назначена судья Белозёрова С.А.

Указом Президента РФ от 3 декабря 2007 года Белозёрова Светлана Александровна назначена председателем суда на 6-летний срок полномочий, в настоящее время она возглавляет коллектив из 9 судей и 38 сотрудников аппарата суда.

Московский районный суд активно включился в работу по внедрению и эксплуатации комплексной системы ГАС «Правосудие». К 2006 году для создания условий для введения ГАС «Правосудие» все рабочие места сотрудников суда оборудованы современными компьютерами. В здании суда смонтирована локальная вычислительная сеть, в которую объединены все автоматизированные рабочие места, выделено помещение для размещения серверного оборудования.

На протяжении 2007 года проводилась работа, направленная на ввод в эксплуатацию базовых подсистем «Судебное делопроизводство и статистика» и «Судимость», «Банк судебных решений». С января 2008 года подсистемы внедрены, наполняются  и функционируют.