В феврале 1924 года вся территория Горного Алтая была поделена на 5 судебно-следственных участков. Территория Кош-Агачского административного района вошла в 5-ый судебно-следственный участок. Фактически он был образован несколько позднее остальных, после апреля 1924 года.
В настоящее  время Кош-Агачский районный суд имеет статус четырехсоставного.