Арбитражный суд Томской области выполняет следующие функции:

- рассматривает в первой инстанции все дела, подведомственные арбитражным судам в Российской Федерации, за исключением дел, отнесенных к компетенции Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации;
- пересматривает по вновь открывшимся обстоятельствам принятые им и вступившие в законную силу судебные акты;
- обращается в Конституционный Суд Российской Федерации с запросом о проверке конституционности закона, примененного или подлежащего применению в деле, рассматриваемом им в любой инстанции;
- изучает и обобщает судебную практику;
- подготавливает предложения по совершенствованию законов и иных нормативных правовых актов;
- анализирует судебную статистику.