Высший арбитражный суд Республики Дагестан был образован в соответствии с законом РФ от 4 июля 1991 года "Об арбитражном суде" и  постановлением Верховного Совета Республики Дагестан от 26 декабря 1991 года.

29 февраля 1992 года были избраны 12 судей Высшего арбитражного суда Дагестана, с этого же дня прекращены полномочия Госарбитража Республики Дагестан. С марта 1992 года Высший арбитражный суд Дагестана начал свою деятельность как орган судебной власти.

С введением в действие Федерального Конституционного Закона "Об арбитражных судах в Российской Федерации" с 1 июля 1995 года суд стал именоваться Арбитражным судом Республики Дагестан.

В настоящее время в суде работают 13 судей, сформированы и действуют два судебных состава: судебный состав по рассмотрению экономических споров, вытекающих из гражданских правоотношений и судебный состав по рассмотрению экономических споров, вытекающих из административных правоотношений.